O cultivo da soja inoculada permite que ao longo dos anos o solo seja colonizado com rizóbios e que os mesmos podem infectar e gerar nódulos na cultura do ciclo seguinte. Isso fez com que muitos produtores passassem a não inocular todos os anos por acreditar que a colonização do solo fosse suficiente para garantir uma nodulação satisfatória e produtividades adequadas. Entretanto, a eficiência dessas bactérias é questionável e mostram ser insuficientes principalmente porque estão associadas à criação de nódulos pequenos nas raízes secundárias e não nódulos grandes e ativos localizados na raiz principal oriundos da inoculação. Nesse sentido, resultados de pesquisa de instituições com respaldo científico têm demonstrado que a inoculação anual apresenta benefícios reais para o aumento de produtividade e deve ser mantida no plano de cultivo.
Outro assunto que tem gerado controvérsias entre técnicos, produtores e pesquisadores é sobre a eficiência da nodulação para altos patamares de produtividade e isso tem motivado recomendações de N adicional via fertilizantes. Entretanto, atualmente algumas lavouras já experimentam produtividades que superam 90 ou mesmo 100 sc ha-1 com inoculação tradicional, indicando que, quando bem realizada, a inoculação é suficiente para fornecer nitrogênio com baixo custo comparado ao uso de fertilizantes nitrogenados.
O sucesso de uma inoculação eficiente passa pela análise de vários fatores. A escolha de um inoculante de qualidade, a qualidade do tratamento de sementes, a combinação de químicos usados no TS, a cobertura do solo com resíduos e sua relação com a umidade e a temperatura do solo, a incidência direta da radiação solar sobre o solo, o pH, os teores de nutrientes e, principalmente, o tempo compreendido entre a inoculação das sementes e o plantio. A avaliação criteriosa desses fatores é fundamental para garantir a sobrevivência de uma população adequada de bactérias que garanta um número de nódulos adequado, pois é nessa hora que o potencial da cultura pode ser definido.
Embora em muitos casos se busque praticidade operacional, existem detalhes que são fundamentais para a produtividade da cultura e rentabilidade do produtor. Nesse caso, a inoculação realizada corretamente vai ditar o sucesso da lavoura, pois pouco adianta os demais insumos utilizados serem os melhores do mercado se a inoculação for inadequada.